У вас “британець” чи “бразилець”? Чому важливо визначати штами коронавірусу
Рік тому, коли людство познайомилося з новим коронавірусом, одним із головних завдань було діагностувати спричинену ним хворобу. Сьогодні вже важлива не лише інформація про наявність вірусу в організмі, а й про його різновид.
Вірус наочно демонструє, як працює еволюція. У таких РНК-вірусах, як він, мутації виникають відносно легко — це помилки під час копіювання РНК. Через це утворюються нові різновиди того ж вірусу, які називають штамами. Вони трішки різняться між собою будовою, – повідомляє Громадське.
Це може не надто помітно впливати на «стосунки» людини з вірусом, але й може впливати дуже суттєво. Наприклад, є штами, які поширюються між людей швидше за інші. А можуть бути й такі, що призводять до складнішого перебігу хвороби. Якісь із них можуть «не боятися» чи «не дуже боятися» вакцини. Зрештою, ніхто не може виключити того, що внаслідок чергової мутації вірус стане значно агресивнішим і зведе нанівець більшість із наших досягнень у боротьбі з ним.
З погляду окремого хворого геть не важливо знати — «британець» чи якийсь інший зі штамів SARS-CoV-2 спричинив його хворобу, адже протоколи лікування є однаковими незалежно від різновиду вірусу. Але з погляду уряду країни (і тим паче міжнародних органів на кшталт ВООЗ) дуже важливо моніторити виникнення нових різновидів вірусу й поширення вже відомих. Без цієї інформації боротися з пандемією — наче блукати лісом навпомацки.
Саме тому ВООЗ сьогодні рекомендує країнам вважати, що мутований штам коронавірусу наявний у 5% усіх позитивних зразків на COVID-19. Разом із цим в Україні, де щодня виявляють кілька тисяч нових хворих, за весь час лише кілька сотень зразків були проаналізовані. Та й ті переважно за кордоном.
Як розповіла hromadske Ірина Демчишина, завідувачка референс-лабораторії вірусологічних досліджень Центру громадського здоров’я, є два основні підходи до визначення штамів коронавірусу.
Перший — за допомогою ПЛР-тесту, дуже схожого на той, який використовується для діагностики коронавірусної інфекції. Але він налаштований «впізнавати» лише ті віруси, які мають мутацію під назвою N501Y.
Такі тести виробляються в Німеччині, а ВООЗ надає їх безоплатно різним країнам. Центр громадського здоров’я сподівається отримати від ВООЗ 36 тисяч тестів на поточний рік. Це дозволить проводити 4 тисячі тестувань на місяць — від квітня й до кінця року.
Але такі тест-системи мають очевидну ваду: вони «налаштовані» на віруси з певною мутацією, проте не здатні вирізнити інші мутації, які вже є або ще можуть з’явитися.
Для нових, звісно, теж можна створити тест-системи, але це потребуватиме часу. Головна проблема — потрібно не лише знати, що певна мутація вже з’явилася, а й дослідити її.
«Sequence» з англійської перекладається як «послідовність». Метод передбачає «прочитання» усієї послідовності «літер» — тобто нуклеотидних основ, із яких складається геном вірусу. Це дозволяє побачити будь-які відмінності конкретного вірусу від його «родичів» і знайти його місце на «родовому дереві» SARS-CoV-2.
Це дуже інформативний, але відносно складний і дорогий метод. За словами Біжана Шаропова, наукового співробітника Інституту фізіології ім. О. О. Богомольця НАН України, вартість секвенування одного геному починається від кількох сотень доларів.
Щоб здійснити секвенування геному вірусу, потрібен спеціальний прилад — секвенатор (вартістю кількасот тисяч доларів), реактиви, спеціально навчений персонал та комп’ютерні програми, які опрацьовують отримані дані.
У Центрі громадського здоров’я необхідного обладнання немає, тому донині зібрані в Україні зразки надсилають для аналізу за кордон. Минулого року було лише 50 зразків, але тоді вірус ще був більш-менш генетично однорідним, тож питання небезпечних штамів не поставало так гостро, як зараз.
В січні цього року з України відправили на секвенування до німецької клініки «Шаріте» 200 зразків. Із них ЦГЗ наразі отримав результати щодо 48-ми.
«Серед того, що опрацьовано, немає найбільш епідемічно значущих варіантів коронавірусу: британського, південноафриканського та бразильського штамів», — каже Ірина Демчишина.
У лютому ЦГЗ підготував ще 338 зразків, зібраних із усіх регіонів України. Їх надішлють для аналізу до лабораторії Інституту громадського здоров’я в Лондоні. Ірина Демчишина наголошує, що сьогодні всі подібні лабораторії завантажені роботою, тому чекати на результати доводиться досить довго.
Очевидно, що найкращим варіантом було б проводити такі аналізи в Україні, а потім, як це роблять інші країни, долучати їхні результати до міжнародної бази.
За словами Біжана Шаропова, в нашій країні є кількадесят сучасних секвенаторів. Всі вони задіяні в різних проєктах — переважно комерційних та не пов’язаних із дослідженнями вірусів. Але теоретично їх можна було б задіяти для секвенування геномів коронавірусу на комерційних засадах.
Щоб мати можливість робити це безкоштовно, ЦГЗ веде перемовини з Центрами з контролю та профілактики захворювань у США (CDC), аби отримати секвенатор із усім необхідним обладнанням та реактивами. Він працюватиме в лабораторії ЦГЗ після того, як персонал пройде відповідні тренінги. Ірина Демчишина сподівається, що це станеться цього року.
Минулого тижня ЦГЗ повідомив про те, що Інститут епідеміології та інфекційних хвороб ім. Л. В. Громашевського виявив британський штам коронавірусу у двох зразках із Івано-Франківської області.
Як пояснила hromadske професорка відділення респіраторних та інших вірусних інфекцій Інституту епідеміології Алла Мироненко, 20 зразків, серед яких були виявлені ці штами, були просеквеновані за кошти та на обладнанні однієї з вітчизняних фармкомпаній. Сталося це в межах клінічного дослідження вітчизняної тест-системи для визначення нових штамів коронавірусу.
У межах цього проєкту, ймовірно, буде досліджено ще кілька десятків зразків. Але про систематичні дослідження геному коронавірусу поки не йдеться.
Раніше в Інституті молекулярної біології та генетики НАН України заявляли, що готові взяти на себе роботу з визначення штамів коронавірусу, але з організацією процесу були проблеми. Річ у тім, що інститут перебуває в складі НАН України, а ЦГЗ підпорядкований МОЗ — все це ускладнює координацію дій.
Наскільки відомо з неофіційних джерел, наразі в інституті таки досліджують геном SARS-CoV-2. Будь-які деталі процесу представники інституту не коментують, проте обіцяють повідомити більше інформації, коли отримають результати.
